МРТ є безпечним методом діагностики, проте в окремих випадках проведення дослідження неможливе або потребує індивідуального підходу. Під час сканування використовується потужне магнітне поле, яке може взаємодіяти з металевими конструкціями та деякими імплантованими пристроями.
Абсолютними протипоказаннями є:
- встановлений кардіостимулятор або імплантований кардіовертер-дефібрилятор;
- кохлеарні імпланти;
- феромагнітні кліпси судин головного мозку;
- металеві уламки чи сторонні тіла, особливо в ділянці очей;
- імпланти або протези, сумісність яких із магнітним полем не підтверджена.
Є також ситуації, коли можливість проведення МРТ визначають індивідуально. У першому триместрі вагітності дослідження зазвичай не проводять без необхідності. Обмеженням може бути виражена клаустрофобія або стан, за якого пацієнт не може зберігати нерухомість під час сканування, оскільки рухи знижують якість зображень.
Якщо планується обстеження із контрастуванням, додатково оцінюють функцію нирок. При виражених порушеннях роботи нирок введення контрасту може бути обмеженим або протипоказаним.