Хромоендоскопію застосовують для уточнення змін слизової оболонки стравоходу, шлунка та товстої кишки, виявлених під час ендоскопічного огляду. Вона дає змогу детальніше оцінити їхню структуру, поверхню та межі.
Хромоендоскопія шлунка та стравоходу дає змогу краще оцінити ерозії та виразки, атрофічні зміни слизової, ділянки дисплазії, поліпи та пухлинні утворення. Якщо певна ділянка відрізняється за структурою від навколишніх тканин, лікар може точніше визначити місце для прицільної біопсії. Потім зразок тканин відправляють на гістологічне дослідження, щоб виключити онкологію ШКТ або передракові зміни.
Під час хромоскопії кишечника можна точніше оцінити поліпи, дисплазію та інші новоутворення. Дослідження також має важливе значення при тривалих запальних захворюваннях кишківника, зокрема виразковому коліті та хворобі Крона, коли необхідно своєчасно виявляти передракові зміни.