Для проведення томографії легень пацієнт лягає на висувний стіл томографа, зазвичай на спину, з піднятими вгору руками, після чого стіл засувається в тунель сканера і починається дослідження. Під час проведення КТ лікар знаходиться в суміжному кабінеті, спостерігаючи за пацієнтом через спеціальне вікно і, при необхідності, спілкуючись через переговорний пристрій, вмонтований в томограф.
Якщо дослідження проводиться із застосуванням контрастної речовини, то в вену пацієнта встановлюється катетер. Контраст подається автоматичним інжектором, що виключає введення недостатньої або надлишкової кількості контрасту в організм пацієнта.
Під час комп'ютерної томографії легень пацієнт не відчуває ніяких неприємних або хворобливих відчуттів, все що від нього вимагається - не ворушиться. Будь-який рух може привести до розмиття знімків. Потім в ході дослідження лікар може попросити пацієнта затримати дихання на кілька секунд.
Після дослідження пацієнт отримує на руки висновок фахівця і диск з результатами КТ. Період реабілітації після КТ легень відсутній - можна відразу ж повертатися до повсякденної діяльності.