Санацію мигдаликів виконують амбулаторно в кабінеті отоларинголога. За потреби перед початком лікар-ЛОР обробляє слизову оболонку ротоглотки місцевим анестетиком, щоб зменшити неприємні відчуття.
Залежно від клінічної ситуації санація лакун мигдаликів може проводитися за допомогою спеціального шприца з канюлею або вакуумної системи. Лікар подає в лакуни антисептичний розчин, який вимиває гнійні пробки. Лакуни очищаються, після чого мигдалики за потреби повторно обробляють лікарським розчином.
Чистка гланд зазвичай триває 10–15 хвилин. Для досягнення стійкого результату лікар може рекомендувати курс із кількох сеансів, кількість яких визначається індивідуально.